中日战争爆发后，中日空军肯定会全面交手（日本此时没有空军这个独立的军种，只有陆军航空兵和海军航空兵），那么，中国空军该怎么做才能以弱胜强呢？首先，中国空军的飞机数量已经大大少于日本航空兵，其次，日本航空工业很发达，虽然肯定比不了美英德苏，但在航空工业基本为零的中国面前则可以尽情地耀武扬威。显然，中国空军只能走精兵路线，数量比不了，只能在质量上下足狠功夫，另外，合理的机种比例也是个重要问题。
举个例子，假如中国空军共有1000架飞机，那么，这1000架飞机应该分为什么种类呢？800架轰炸机和200架战斗机？这显然不合理，虽然800架轰炸机可以组成强大的空中轰炸力量，但保护轰炸机的战斗机太少了，没有足够多的战斗机，就没有制空权，再多的轰炸机飞上天也只是敌方战斗机的靶子。
想要轰炸敌人、攻击敌人，首先要有制空权，更首先的是不能让敌人掌握制空权。所以，中国空军在参战后的第一步是阻止日军掌握制空权，第二步是全力夺取制空权，第三步才是在己方拥有制空权或大部分制空权的情况下对日军展开空中打击，这个第一步和第二步都是战斗机唱主角，自然而然，中国空军最急需的是战斗机，是越多越好、越先进越好的战斗机。
蒋纬国设想中最理想的情况是这样的：开战时，中国空军拥有1000架新式飞机，其中，战斗机700架、轰炸机150架、其它的运输机、侦察机、教练机共150架。这样的比例才是真正合理的，真正最适合客观现实。
到时候，虽然中国空军的轰炸力量很低，但起码数量足够的战斗机能够不让日军轰炸机在中国军队头上扔炸弹。蒋纬国希望中国空军的战斗机都是bf-109，这是很自然的，首先，bf-109此时已经诞生（二战中各大国的其它优秀战斗机此时基本上还都没正式问世），并且，中德关系密切，购买bf-109是最合适的，况且，同种飞机的型号如果太多，也会造成各种不方便，“万国牌”的大杂烩是不行的，所以，蒋纬国打算让中国空军在战争前期和中期的战斗机清一色装备bf-109；
至于轰炸机，蒋纬国非常青睐德国的ju-87（斯图卡）、ju-88、he-111，以及美国的b-17、b-29。既然中国空军的飞机必须大部分是战斗机，轰炸机是少部分，自然要进一步精益求精，单机轰炸能力越强越好。只可惜，ju-87、ju-88、he-111此时还处于试验性生产阶段中，b-17是四引擎重型轰炸机，b-29在b-17基础上更上一层楼，蒋纬国非常想有这两款战略轰炸机，毕竟一架能顶十架普通轰炸机，但b-17此时只是完成了试飞，b-29更是没影的事。蒋纬国确实等不及了，所以提前预购了b-17，或多或少也能促进第一批b-17成品的出厂日期（b-17在1935年夏完成试飞，在1937年生产出试验性样机，在1939年4月才生产出首批成品机。）。
“你怎么都买德国飞机啊？”在经费被蒋纬国挥金如土地花完后，宋美龄又心疼又不解。
“因为只有德国人才会把真正的、新式的好飞机卖给我们啊！”蒋纬国耸耸肩。
宋美龄仍然难以理解：“你看看你跟德国人买的轰炸机，太贵了吧？这款ju-87的售价竟然是十八万美元，那款ju-88居然是三十五万美元！纬国，你太大手大脚了吧！我跟你说，我好不容易才跟美国军方还有美国马丁公司谈妥了，他们会以六万美元每架的低价卖给我们二十架b-10轰炸机（马丁-139wc轰炸机），另外，苏联还会卖二十架sb-2和tb-3轰炸机，对了，原本我还跟德国那边谈好，他们马上会卖给我们十架he-111a型轰炸机。你看你呀，把我辛辛苦苦谈好的结果都彻底地弄没了！”她语气里颇为责备和埋怨。
蒋纬国很不以为然：“要买就买最好的，买那些垃圾干什么？又浪费钱又没实用，并且还让我们空军白白牺牲飞行员！那些老外居心不轨，把他们本国不要了或淘汰了的破铜烂铁故意卖给我们，我们还要当宝贝不成？”
蒋纬国确实看不上那些垃圾货色，无论是美国的b-10，还是苏联的sb-2、tb-3，都是已经落伍的飞机，还有德国的he-111a轰炸机，这跟历史上大名鼎鼎的he-111轰炸机纯属两码事，它只是he-111系列的原始试验品，首批生产出了10架，总计还是生产出了10架，因为德国空军虽然极度需要轰炸机，但在对这款he-111a经过评估后，认为这款飞机就是垃圾，懒得要，继而变废为宝、顺水推舟，把这10架垃圾飞机卖给中国。
“唉！可我都跟人家谈好了啊！”宋美龄十分无奈。
蒋纬国也很无奈：“好吧，人不能言而无信，美国佬的那批马丁轰炸机，照常买回来吧！六万一架，二十架，一百二十万是吧？我来掏钱。”他发现，宋美龄买飞机只知道买便宜货，也不管性价比。
宋美龄摇头苦笑，她知道蒋纬国现在腰缠万贯、财大气粗。“你跟德国那边买这么多的运输机干什么？”宋美龄十分疑惑，“八十架容克运输机（ju-52），空军那边很缺运输机吗？”
蒋纬国微微一笑：“母亲，这些运输机不是给空军用的，或者说，暂时不是给空军用的。母亲，这批八十架，上批二十架，一共整整一百架。这一百架运输机可是一棵摇钱树、一个聚宝盆啊！我打算用这批运输机成立一个航空公司，母亲您当董事长，我当总经理，怎么样？”他知道，宋美龄因为没了那笔经费给她生利息而不高兴，所以此时重新给宋美龄一棵摇钱树。
果然，听到蒋纬国的这个建议后，宋美龄眼睛一亮：“纬国，你的意思是…”
蒋纬国自信满满地道：“无论是和平时期还是战争时期，航空运输都是一项非常重要的运输方式，并且这在商业上也是一个利润丰厚、前景广泛的未开拓市场。空军虽然有运输机，但空军是军队，军航是为军事服务的，而民间老百姓也需要民航嘛！
母亲，假如我们还有半年就要跟日本人全面开战，是不是要提前进行各方面的撤退转移活动？到时候，飞机可是一票难求啊！多少有钱人会争先恐后、削尖脑袋想买到一张飞机票？战争前，我们的这批运输机为老百姓服务，战争期间，我们的这批运输机就全部交给或部分交给空军，从而加强空军的运输能力，这不是一举两得吗？”
蒋纬国暗想，等战争即将爆发和在战争爆发初期，上海等地的有钱人们肯定会挤破头地抢购逃命的机票，到时候，机票价格就可以一路飙升了，多好的捞钱机会啊！
宋美龄若有所思并且愈发心动：“可是，纬国啊，我们国内已经有航空公司了呀！”
“那两个不算！”蒋纬国不以为然，“都是中外合资的，没有掌握在我们中国人自己手里，我们这个新公司早晚要兼并它们！”民国时期的中国共有两家民航公司，一家是中美合资的中国航空公司，一家是中德合资的中央航空公司，都是国民政府交通部跟美国、德国的公司联合创办的，属于官方民航公司。
蒋纬国此时拉着宋美龄另立山头，两人成立的虽然只是私人的民航公司（其实，蒋纬国和宋美龄根本就不是“普通老百姓”），但背景和实力都超过那两家官方民航，挤垮以及吞并那两家官方民航是早晚的事。
宋美龄对蒋纬国的这个建议确实非常感兴趣，有这么一个民航公司在手里，就等于抱着一个私人聚宝盆，并且成本钱还是公款，打的旗号也是为空军提供备用飞机，她不心动才怪。
九月底，航空委员会正式被改组为空军总司令部，周至柔中将担任总司令，毛邦初少将担任副总司令，黄光锐少将担任总参谋长，王叔铭上校担任副总参谋长；
中央航校、云南航校、广东航校合并为空军大学，“中国空军第一人”、“中国空军两朝元老”秦国镛担任空军大学校长，张惠长、陈庆云、黄秉衡担三人任空大副校长兼任分校长；
同时，空军各方面的精简、扩充、搬迁等事务都有条不紊地逐步展开，裁撤掉宂余人员数千名，空军总部和空大总校迁至武汉，并且在南京、上海等七地设立七个空军基地、七个野战机场、七个空大分校，另外再在南京设立一个前敌基地和前敌指挥部。顿时，中国空军呈现出一片新气象，各方面都为之焕然一新。
与此同时，国内第三家民航公司“东方航空公司”在武汉正式成立（公司名字是蒋纬国取的，简称“东航”），董事长是宋美龄，总经理是蒋纬国，这两人一个是最高领袖的小儿子，一个是最高领袖的夫人，使得公司的背景简直强大到了无敌的地步。
东航在成立后，迅速开通了南京、上海、武汉、洛阳、长沙、重庆、广州、昆明等各大城市来往的航线，十月初，东航第一次在国内登报公开招聘第一批中国空姐。历史上，中国第一批空姐是1937年由中央航空公司进行招聘的，条件是：年龄20-25岁，身高-米，体重40-59公斤，懂国语、粤语、英语。
在处理完空军的事务后，蒋纬国立刻前去处理海军的事务。
蒋纬国当然没能力在短时间内把中国陆海空三军来一场全面大整顿、大清洗，这种大事无法一蹴而就，他目前只能尽力而为，让中国军队在即将爆发的中日大战中能够伤亡少一点、损失轻一点、战果多一点，众所周知，抗战时中国军队的最大弊端就是派系林立、人心不齐、一盘散沙，这种情况在陆海空三军里都有。其中，空军情况最轻微，海军其次，陆军最严重。
中国空军是个“混血儿”，由中央空军、两广空军、山西空军、东北空军（主要是人员，因为东北空军的飞机、设备、油料、弹药等大部分都在九一八事变中落入了日军手里）组成，眼下，两广空军、山西空军、东北空军都已经烟消云散，只剩中央空军一家独大，客观上讲，这确实是件好事；
中国海军也是个“混血儿”，其实，说它是“大杂烩”更加贴切。中国海军由福建海军、广东海军、东北海军组成，顶梁柱是福建海军。没有“中央海军”，因为蒋介石一直没条件、没时间、没资金建立他的嫡系海军部队。中国海军此时的最高指挥部门是海军部，还未设立海军总司令部，海军部部长是陈绍宽上将，常务次长是陈训泳中将，第一舰队司令是陈季良少将，第二舰队司令是曾以鼎少将。
比起空军，蒋纬国对中国海军的感情更多的是一种悲悯。众所周知，在历史上的抗战里，中国陆军是主力，中国空军的参战身影也一直贯穿八年，至于中国海军，就只是在战争初期打了几场血战，此后便几乎再也没有出现在抗日战场上了。这当然不是海军将士们消极避战，而是中国的客观国情、战争态势发展、海军本身特性决定的。
八年抗战，中国陆军打得悲苦，中国空军打得悲壮，中国海军打得则是悲惨，开战之初，还没正式参战，先接到了自沉命令，为了封锁长江水道，中国海军近半军舰自己沉入了长江，随后就是战局一边倒的江阴大海战，海军舰队在此战中基本上全军覆没，从此再也没有发动较大的军事行动，因为想发动军事行动都没法付诸行动。一支海军，没军舰了，还怎么发动军事行动？
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蒋纬国觉得，中国的抗战虽然主要依靠陆军和空军，海军确实因为各方面因素所以用武之地不太广，但只要海军将士们都有杀敌报国的决心和视死如归的勇气，加上找对正确方向，中国海军在抗战中还是可以有所建树的。蒋纬国打算像给德国海军“指点迷津”那样，也给中国海军指出一条明路正道。那天晚上在憩庐，蒋纬国向蒋介石提议“着手整顿空军和海军”，蒋介石欣然应允并表示支持，他是这样回复蒋纬国的：
“行，我马上打电话给周至柔和欧阳格。”
空军很正常，周至柔是空军一号首脑（虽然上面还有一个宋美龄），所以蒋纬国要整顿空军，肯定是去找周至柔的，但蒋介石却让蒋纬国在整顿海军这件事上去找欧阳格。海军部部长是陈绍宽，常务次长是陈训泳，两支舰队的司令是陈季良、曾以鼎，欧阳格在海军里的地位连前十名都没挤进去。很显然，蒋介石这个安排是很奇怪的，他应该让蒋纬国直接去找陈绍宽才正常。
蒋纬国一开始也不太清楚，在搞明白后，他感到悲哀，因为这件事说到底还是派系问题。
蒋介石的中央军有嫡系陆军、嫡系空军，但没有嫡系海军。中国三军里，空军的“嫡系成分”超过九成；陆军的“嫡系成分”约占三分之一（虽然人数只有三分之一，但都是精锐）；海军里的“嫡系成分”完全为零。中国海军是由福建海军、广东海军、东北海军混合组成的，顶梁柱是福建海军。海军的四个主要高层，陈绍宽是福建省闽县人，陈训泳是福建省闽县人，陈季良是福建省福州人，曾以鼎是福建省昌乐县人，清一色的福建人，并且海军里的中高层军官超过一半都是福建人，即便广东海军和东北海军合并进来，海军里的福建人还是稳稳地占据着主导地位。